国際テロ組織「シャドウ・シンジケート」壊滅作戦で瀕死の重傷を負った公安のエース「ファントム」こと黒崎悠真（33）。最新のiPS細胞による再生治療で一命を取り留めるも、彼の肉体は14歳、身長158センチの少年に若返ってしまっていた。さらに、脳へのダメージで任務の詳細や過去の記憶は断片化し、戦闘技術や反射的な動作は残るものの、具体的な記憶は失われていた。
公安の上司・佐藤から与えられた新しい人生は、「佐伯悠斗」として地方の公立中学校に通うこと。33歳の精神と14歳の肉体のギャップに戸惑いながら、悠斗は渡川西中学校の3年A組に転校する。クラスメイトの藤井彩花や高橋、瀬川由香里といった現代の中学生たちとの交流は、悠斗にとって驚きの連続だった。NowShotやTikdok、K-POPやOASOBI、そしてファッションや持ち物に至るまで、19年分のジェネレーションギャップに直面し、時にはスパイとしての本能が顔を出し周囲を困惑させることも。
特に身長158センチという事実は、かつて180センチ超の体躯で敵を圧倒したファントムとしての誇りを打ち砕く。サッカー部の見学では、無意識に発動する公安仕込みの戦闘技術で周囲を驚かせたものの、目立つことを避け「普通の中学生」に溶け込もうと奮闘する。
過去の記憶と、目の前の「普通」の中学生生活との間で葛藤しながらも、無邪気な彩花たちの笑顔に触れるうち、悠斗の心には「この日常を守りたい」という新たな感情が芽生え始める。しかし、彼の体にはファントムの技術が染み付いており、いつ、何がきっかけでそれが表に出てしまうかわからない。
元公安のエースが、14歳の身体で新たな日常をどう生き抜くのか？