ドラゴン・ディザスター・デイと称されるその日、世界にドラゴンが現れた。ドラゴンの体表を守る深紅の竜鱗は現代兵器を容易く弾き、ミサイル攻撃すら効果を及ぼさない。また脅威はドラゴンだけでなく、人をドラゴンのような姿へと変質させる赫竜病が蔓延する。どこからともなく現れるドラゴン、そして人から変異した竜人。それらは人間を捕食し、人という種は生態系の頂点から転落することになる。
国連ゲオルギウス機関はドラゴンへと対抗するため、その身にドラゴンの因子を取り込んだ新しい人種を生み出す。彼らはドラゴンスレイヤーと呼ばれ、ドラゴンを狩ることに成功した。しかし一方で赫竜病の治療法は確立されず、竜人も増え続ける一方であった。
旧日本の対竜都市キサラギには【竜人殺し】と呼ばれる少年がいた。彼の名は如月シオン。「元」人間である竜人を狩り続けるシオンは忌み嫌われていた。そんなシオンがゲオルギウス機関からやってきた実験体の少女と出会い、世界が動き出す。