九条改太は進学校の学院に通っていた。この学院の生徒は進学先も就職先も選び放題のエリート候補だが改太は将来の夢も希望もなく全てが退屈だった。

　改太の祖父、巌は全ての学問を修めた天才でありながら奇抜な研究をしているという風評を受けてマッドサイエンティストとして学会を追われた。その研究とは『魔法科学』という眉唾物の名前のついた超科学。現代ではありえないオーバーテクノロジーだった。

　その魔法科学の才能を受け継いだ改太は魔法科学の力を使って秘密結社を設立した。『将来の夢も希望もない…。暇だ。暇で仕方ない。世界征服はしないけど暇だから秘密結社作ってみた！』

　秘密結社の活動をしているとそこに魔法少女が現れた！その魔法少女達の正体は何者かに授けられた魔法科学を使っている同級生の美少女二人組だった！

　二人をうまくやり過ごしながら二人に魔法科学を授けた黒幕を探る改太の苦労が今始まる。

　※この物語は、法律・法令に反する行為を容認・推奨するものではありません。作中で描かれる犯罪行為等は決して真似しないで下さい。
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