悪徳王子エルリックに雇われて、無謀なダンジョン攻略に付き合っていた医術士見習いの少年アルル。
ダンジョンの31階層主である火竜にやられて攻略隊は全滅寸前。ダンジョンから逃げ帰ることにした王子と王宮魔術師のセレーナに見捨てられ、ダンジョン内に置き去りにされる攻略隊。
攻略隊はなんとか火竜を撃退するも、アルルを残して全滅。

アイテムなし。
戦闘力なし。
仲間なし。

おまけに、生き残っていることを知られたら、自分の失態を隠したい悪徳王子から命まで狙われる危険性あり。
そんな最悪の状況から始まるダンジョン生活。

アルルはダンジョンの中で生き残りの女騎士のリアとコボルトの子供ポルン、王女クウデリアと出会って仲間増やしながら、生き残るためダンジョンの最深攻略記録の更新を目指すことに。
アルルの気付いた手の能力が、やがて最強の能力、神の手(仮)として覚醒していく。
生命情報を自由に読み取り書き換えられる神の手(仮)で、敵や魔物や出会った者たちの能力や運命すらも書き換え、時には悪魔や失われた生命すら創造する。

女騎士→剣→神剣。
王女→天使→戦女神。
コボルト→炎狼→神狼。
ゾンビ→最上位悪魔。

他にもいろいろ好き放題に魔改造を施しながらダンジョンを進むうちに、エルリックの手駒で肉体をダンジョン化して魔物を宿すダンジョン細胞を使い暗躍する星光教の狂信者たちにも狙われる。