世界に天使が降臨するようになって百年。天使は人々に災厄と幸福をもたらしていた。
天使に対する尊敬と畏怖により生まれた、「天使教会」が大きな力を持つ中、
天使のもたらす魔力を利用しようと、魔術師達も密かに活動をしていた。

高校生の椿直巳は、「神秘呼吸」(アルカナ・ブレス)という能力を使って天使教会で仕事をしていたが、あることをきっかけに、「天使狩り」という禁忌に足を踏み入れることになる。
同級生の「伊武希衣」(いぶ　まれい)や、謎の少女「高宮=アイシャ=スレイ」と、その従者達、「高宮A」、「高宮B」の力を借り、天使を狩っていくのだが――

謎の存在である天使を中心に、魔術師、天使教会、反天使同盟、異端勢力など、それぞれの思惑が交錯し、椿直巳の黙示録は綴られていく。