亡くなった祖父の家を引き継いだ青年 田中圭祐は、ある日祖父の部屋の押し入れに《ダンジョン》の入口を発見する。
初めての《ダンジョン》発見者に与えられたEXスキルを駆使し、圭祐は《ダンジョン》の攻略を始める。

その後世界各地に現れた《ダンジョン》からもたらされる数々の恩恵に、世界は《ダンジョン・シーカー協会》を設立。《ダンジョン・シーカー》達は世界のため、または己の欲望の為に、《ダンジョン》へと足を進めるのであった。