「カラスを出すだけの能力って…ハズレにもほどがあるだろ」

高校生の鴉羽 修斗（からすば しゅうと）はある日、帰り道によく見掛ける不気味な『神社のない鳥居』に吸い込まれ、気付いた時には見知らぬ森の中に居た。そこで沙羅神 夜波（さらがみ よるは）という巫女と出会った先にあったのは江戸時代の日本を連想させる街並みと服装で暮らす人々だった。

そして、修斗は夜波の話からこの世界がその昔に日本の大陸が分裂した『もう一つの日本』であり、『神隠し』にあった者達が迷い込む異世界であること、さらに、この世界には大蛇や大蜘蛛、かまいたちなど人を襲って殺戮の限りを尽くす『妖（あやかし）』が存在することを知ると同時に、夜波の妹―月華（げっか）を助けたことで、この都での『沙羅神家』の複雑な立場を知ることになる。

そんな中、成り行きでその『妖』から人々を守る侍や忍者の居る『妖狩り』という組織へ入隊することになったシュウト。
そこで入隊試験へと挑むことになるものの、この世界に住む人間の体には『妖』が宿っており、『妖狩り』はその『妖』から力を借りて『妖刀』と呼ばれる武器を顕現することが入学試験の条件だったのだがー

「―ちょっと待て。刀じゃなくて、鴉（カラス）が出てきたんだが？」

他の試験者達が『妖刀』を顕現させる中、何故かシュウトが顕現したのは武器ではなく、どういうわけかただの鴉が現れたのだ。
突然のことに焦る修斗だったが、そんな彼の耳に大きな鐘の音が響く。
それは、里に『妖』が迫ることを知らせる合図であり、かくして一般人だった修斗の『妖狩り』としての生活が始まるのだった―。