なんでもない一日の放課後。帰路についていた高校一年生、浅堂隼斗は、気づけば謎の空間にいた。そこには、ゲームの筐体が一つ。その現象に頭を捻りつつも、指示通りコインを入れたところ――未来の科学者を名乗る男によって告げられたのは、ゲーム世界＜モルス＞の存在。そして、現実とゲーム、双方において命を賭けた戦いだった。
だが、科学者に、ある制限をされてしまった隼斗は他のプレイヤーよりも不利な条件でのスタートとなり、ソロプレイヤーとして低ランクモンスターを相手にする日々。しかしある日、現実での失態により、同学年にして学内外問わずの有名人の少女、柊千雪にプレイヤーであることが露見してしまった。そしてなぜか、彼女がリーダーの実力者チーム『ヴァーミリオン』へと入ることになってしまい……。