高校二年の夏休みを謳歌し、翌日からの登校に期待し、帰宅した郁坂恭介はそこで自宅が派手に燃え上がっている光景を目の当たりにする。
　なんとか仮の住まいを見つけ、新しく始まった二学期と奮闘する事になった恭介は、ひょんなことから超能力存在を知る事になる。そして、自身も超能力者であること、家族も全員そうであることを知り、超能力を悪用する人間を秘密裏に片付けるNPCという組織に所属する。
　そして、NPCで任務を進めて行く内に、新たな形の超能力を出会い、そして、ジェネシスの新の目的と対峙する事になる。