「────ぼくは、悪人だ」

ある日を境に、人々の世界には〝異能力者〟が生まれた。超常的な能力を持ち、普通の人間とは一線を画す存在。彼らを恐れた人々は、巨大な地下監獄『バベル』に彼らを追いやってしまう。

九十九和泉は地下監獄の看守及び管理スタッフとして働く事になったが、そこで出会った異能力者の少女の手によって肉体が入れ替わり、獅子丸シオンという異能力者として生きていく事に。

地下監獄を管理する側にも異能力者が存在すると知った九十九和泉改め獅子丸シオンは、たった四人で構成される組織『リヴォルト』のメンバーに入った。そして異能力者たちの現実を知り、地下監獄バベルの正しい崩壊を目指そうとするのだが──────。