数十年先の未来。地球は汚染され食糧などの資源的な危機に曝されていた。そんなある日、地球全体が同時に地震に襲われた。その地震を境に実世界に突如として謎の迷宮が現れていった。その迷宮によって地球の汚染された環境は解消されていく。しかし、その迷宮は人類に対して恩恵と試練を同時に与える物だった。
　恩恵は特殊な魔法のような力と身体能力。それに迷宮から取れる食料や鉱物資源。逆に試練は迷宮に存在する魔物そのもので、人類に対して牙を剥く。
　そんな迷宮に主人公、柊孝二は身長120㎝の合法ロリな銀髪美少女の嫁、静久と共にと潜っていく。目的は静久の妹の病気を治す薬とアトリエシリーズの錬金術を手に入れる事。