西暦2235年、人類は太陽系を開拓しつくし、太陽系外に進出したところ複数の異星人文明と遭遇、彼らと交易を行うようになっていた。また宇宙船には人工知能とその拡張設備のアンドロイド「義体」が搭載されるようになり、船員と会話する光景が日常になった。
船舶用人工知能と仲良くしてばかりで、訓練学校では「船に恋する男」と呼ばれた天野 大河（あまの たいが）は、沿宙域警備隊冥王星基地に所属する巡視船シルクロードに配属される。しかしシルクロードの人工知能はお嬢様口調の自信家、でもなんだか優しくて面倒見が良い変わった女の子だった。そんなシルクロードと天野は、不思議な関係で結ばれていく。