世の中の様々な事に反抗したくなる年頃の少年、佐原ケン。
彼はある日、ギジの世界という異世界へやって来てしまう。
そこではマンハンターという謎のロボットが人間を襲い、同じ人間同士でも少ない物資を巡っていざこざが耐えない世界であった。
彼はマンハンターに襲われていたところを、白河ユリと水野ミクという女性に救われ、彼女達の村で生きていくことを決める。
やがてケンはマンハンターとの戦闘で戦果を上げると同時に村の者達からは疎まれ始めた。
ある出来事をきっかけにケンは村の外へ追い出され、ミクとユリもそれに続く。
そして彼らは武器屋旅団という行商人と合流して、世界の謎に近い存在と噂されるオーバーロードナイトを追い始めた。
紆余曲折を経てオーバーロードナイトに出会い、ケン達は彼らに協力することになる。
そこでマンハンターの拠点ともいえるファクトリーという場所で世界の真実に迫ることになるのだった。