世界は壊れかけていた。
人間の欲望によって開かれた『匣』とそこから溢れ出した災禍の怪物、パンドラ。
人間は、パンドラを元に創り出した魔法、それを使いこなす魔導師、そして魔導師を養成する軍事機関を次々と設立し、彼らに対抗していく。
妹をパンドラに奪われた青年、儚廻遥（はかなみ　はるか）はそんな魔導師養成機関の一つである『クサナギ学院』の生徒として、日々を生きていた。
入学して一年が過ぎたとある日のこと、夕暮れに染まる廃墟街で、彼が銀色の少女と出会った所からこの物語は回り始める―――