西暦2045年。医学の進歩で性別を自由に変えられる肉体に生まれついた高校生、赤羽ゲンキ（女性名：赤羽ほがら）は、男になったり女になったり、仲間たちと気ままな学園生活を満喫していた。ところがその頃、第二次世界大戦末期に悪の秘密結社間で結ばれた講和条約が失効、世界は再び不穏な空気に包まれていた。日本政府は、ゲンキたちにヒーローリストウォッチを与え、悪の組織と戦うように命じる。一方、宇宙から来たという謎の生命体は、魔法のステッキを授け、同じく悪の組織との戦いを求めた。男性体ではヒーローに、女性体では魔法少女に。二重の力を手に入れた主人公たち。だがそれは、彼らを巻き込む壮大な物語の序章にすぎなかった。