魔女長の孫でありながら魔法の使えない落ちこぼれ魔女のソフィアは、それでも自分に出来ることをしようと誰よりもひたむきに魔法薬の研究に取り組んできた。しかし魔女長の証であるラピスラズリのペンダントを受け継いだその日、巨大な魔法陣によって五百年前の過去に飛ばされてしまう。そこは、未だ魔力を持つものが迫害される時代だった。
ソフィアはそこで助けてくれた魔力を持つため教会から追われる赤髪の青年と、元の時代に帰るため始祖の魔女を探す旅に出る。

「邪悪な術なんかじゃない！魔法は、始祖の魔女様が伝えてくれた人を助ける為の力です！」

ーーー教会の迫害から逃れながらも人々を助ける旅の中、助け合いながら旅を続ける二人はやがて想い合うようになるがお互いの幸せを願って想いを伝えることはしなかった。少しでも長く側にいられたら…。そう願い手を取り合う二人に、時代の大きな波が襲いかかる。
後に国の歴史を大きく変えることになるーー不器用で優しい、魔女と魔法使いの物語。
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