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　シルヴァーナ魔法学院の学生グラス・ウィードは、地水火風の元素精霊が優秀とされる学院において、評価の低い『植物』の精霊に選ばれて契約したことで、立身出世の道を絶たれてしまう。
　しかしグラスは心折れることなく、独自に生きる道を模索し、学院の生徒がほとんど志望しない『精霊医』という職業の免許を取る。精霊魔法は主に軍事利用されるもので、魔法士は戦闘で力を発揮してこそ出世できるのだが、グラスは自分の精霊が医療に向いていると考え、能力を活かす道を選んだのである。
　しかしグラスに、思いがけない転機が訪れる。精霊医の資格を取った彼は、魔法士であり医者でもある人材として、第三王女に仕えるように指名され、宮廷魔法士の末席に抜擢されたのである。
　第三王女アスティナは若くして『剣姫将軍』と呼ばれる猛将であり、彼女に仕える女性だけの騎士団を率いて国境守備に就いていた。魔法嫌いの女騎士長ラクエルの下につき、騎士団員の診療と健康管理にあたることになったグラスは、初めは誰にも期待されていなかったが、アスティナが原因不明の病に倒れたことで、グラスは不遇な環境でたゆまずに養い続けてきた医療技術を皆の前に示すことになる。
　報われなかったグラスはやがて秘めた才覚を認められ、着実に騎士団の中で地位を確立し、剣姫将軍アスティナと並び立つ地位まで駆け上がっていく――。