現代の日本から召喚された主人公。召喚された先は、異世界のダンジョン<奇人の住処>だった！？　メリルと名乗った魔族によれば、元々このダンジョンで魔王をやっていた人物が力の衰えにより後継者を召喚したということだった。当の先代魔王は既に死亡し、主人公は何もわからない状態で異世界に放り出されることになる。
　そんな状況の中、メリルに補佐をされながら、主人公は魔王としての職務に励む。侵入者を撃退したり、仲間を増やしたりしながらなんとか無事にダンジョンを運営していた主人公だが、とある事情で仲間になったセレナという人間から、ダンジョンを調査する目的で軍隊が派遣されるという情報を得る。
　調査団はダンジョンの調査を行い、攻略可能だと判断すると千名を越える魔王征伐軍を呼び寄せる役目を持つ。魔物だけでは調査団の攻撃すら防衛しきれるか怪しい程の戦力しか持たない<奇人の住処>。そんな中、魔王征伐軍が派遣されないようにするため、主人公自ら戦場に立ち、調査団を全滅させるという案をメリルが出す。──人間としての倫理観と魔王としての職務に揺れる主人公は、それでも自分の居場所を守るために戦うことを決意して、魔王としての強大な力を振るい、調査団を殲滅する。
　ダンジョンの防衛には成功した。しかし主人公は心に深い傷を負うことになる。しかし、それを癒したのもまた、メリルだった。危ういバランスではあるものの、僅かに立ち直った主人公。だが、今回の調査団派遣を裏で画策していた人物により、次の一手が打たれようとしていた──