その「絶望」は、南アルプスの地下深くに埋まっていた。

2025年12月、リニア中央新幹線のトンネル工事現場で、シールドマシンが謎の巨大構造物に接触し、消滅した。 現場に残されたのは、一切の物理干渉を受け付けない銀色の「壁」と、それに触れた作業員を一瞬で老衰死させた不可解な現象――。

事態を重く見た日本政府は、これを最高機密レベルの特務事案『クロノス』と認定。 内閣官房副長官・海堂蓮の指揮のもと、異端の物理学者・一ノ瀬雫、防衛省の切れ者・真壁剛らによる「未確認埋設物対策本部（チーム・クロノス）」を発足させる。

彼らに課せられたミッションは、搭乗することでも破壊することでもない。 「解析（リバースエンジニアリング）」だ。

触れれば時間が狂う装甲素材、物理法則を無視した動力炉、そして未知のＯＳ。 現代科学の敗北を突きつけられるたび、チームは法と理論の抜け穴を駆使し、泥臭く、執拗に神のブラックボックスをこじ開けていく。

しかし、解析が進むにつれ、戦慄の事実が判明する。 『クロノス』から発せられる微弱な信号が、地球上の「他の場所」からも返ってきていたのだ。 海底、砂漠、極地の氷の下――。 眠っている「神」は、一体だけではなかった。

嗅ぎつけたアメリカ軍の影、中国の暗躍。 日本が手にしたのは、人類を救う希望か、それとも世界大戦の火種か。 技術と政治、そして国家の威信を懸けた、サラリーマンたちの熱き解析戦が今、始まる。