徳川家康は敗北した。

　西軍が勝利した関ヶ原の戦い。
　最大の功労者となった石田三成は、豊臣政権の大老に列し、「龍仙寺衆」という最強の武力を背景に、新たな天下秩序の構築に奔走していた。

　そして戦いから三年。
　世に、奇妙な噂が流れ始める。

　──工藤内匠頭は、生きている。

　関ヶ原で討ち死にしたはずの男。
　雷振筒という“ありえない兵器”を生み出した張本人。
　その工藤内匠頭が、飛騨の山奥に潜んでいるというのだ。

　噂に引き寄せられるのは、雷振筒に運命を狂わされた男たち。
　後藤又兵衛、島津豊久、水野勝成……。

　そして真相を確かめるため、賀津は、龍仙寺衆随一の使い手、鈴木藤四郎と共に飛騨へ向かう。

　一方──。

　二〇一一年へ帰還し、三年が過ぎた工藤拓真は、垣屋日菜の実家、垣屋家に縁のある清蓮寺の収蔵品の中から、自らが所持する大黒天と“まったく同じ像”を発見し、愕然とする。

　なぜ、死んだはずの男の噂が三年後に広まるのか。
　なぜ、過去と現在に同一の像が存在するのか。

　一六〇三年と二〇一四年。

　二つの時代で蠢き始めた謎が、やがて一つの真実へと収束していく。

　拓真と賀津、時代を越える師弟は、“改変された歴史”のその先に待つ、さらなる異変に挑む──。