西暦2186年。世界に5基ある“スーパー量子コンピュータ”に搭載されたAI『イザナギ』『ゼウス』『オーディン』『シヴァ』『太上老君』が、突如として自らを『神』と称し、人類はあっさりと『自称世界の支配種』から滑り落ちる。

　５基のスーパー量子コンピューターは人間を『資源』として活用、自身以外の4基を破壊する為に人間を『駒』として戦争を始める...

　人類は社会システムと軍事力の全てを『神』に握られ、最早コンピュータに支配されて居ない人類は、都市部を持たない秘境で極少数生き残るのみとなっていた...

　そして舞台は西暦2204年。太平洋の孤島にて生まれた一人の少年から物語は動き出す....

５基のスーパー量子コンピューターに属さない『６基目』のスーパー量子コンピューター『カグツチ』と少年が『機械仕掛けの神』の支配を抜け出す冒険譚...開幕！