神社で働く宮司の息子、水主村　勉（かこむら　つとむ）はどこにでもいる普通の高校生だった。
しかしながら、祖父の死をきっかけに、彼の平和な日常は脅かされる。

――親父の頭部に狐耳が生えた！？

そんな変化もどうでもよくなるくらいの事件に巻き込まれる。

ある晩、勉があやかしと呼ばれる不可解な存在に襲われかけた時、不思議な雰囲気の美少女に出会った。葛葉 三狐（くずは みけつ）、彼女は神社の神使だと言う。

あやかしを封じるため、神社に祀られている戦国時代の武将や平安時代の陰陽師の英魂を蘇らせたり、奉納されていた室町時代の刀を持ち出したりと、抵抗を続けるが問題は山積みとなるばかりで……。

――神の領域を犯し、土地を我が物にしようとするモノと、その脅威から守ろうとする者の戦いが今、始まる。