地球にダンジョンが発生して半年後の現代日本、中学一年生の吉水千代（よしみずちよ）は、限界集落の祖父母の墓参りに訪れた時、目の前で突然ダンジョンが発生して為す術もなく飲み込まれてしまう。
深く考えずにダンジョンマスターとなったインドア派でもやしっ子で頭も悪い女子力ゼロな彼女の存在は、邪神の勢力からシステムの致命的なバグと判断され、世界各国の迷宮から津波のように大量の魔物が送り込まれてしまう。果たしてこの先生き残ることはできるのか。