パナス王国の王都エリックリンドは表向きは平和な都市であったが、10年前のクーデター未遂事件以降、シバースと呼称される特別な能力を持つ人々への迫害と弾圧が繰り返されている。

　そんな状況を変えたいと願う一人のシバースの少女は、幼い頃に読んだ絵本の主人公『魔法少女エリエル・シバース』を名乗り街の平和を守るために活動をするが、その思いはいつも空回りばかりしていた。

　一方、治安警察王都守護隊を失望の内に除隊し、自称何でも屋として怠惰な日々を送っていたクルーア・ジョイスは、謎の人物からの依頼を受け魔法少女の調査を開始するけれどなかなか思うようにいかない。

　そんなある日、一つの事件を切っ掛けに10年前のテロ事件を首謀した組織『シバース教アナトミクス派』が、再び表舞台に現れるのだった。