【第一章】村のため、家族の為に冒険者となるためにアクアミラビリスにやって来たクロノフェイズは、たまたま入った酒場で男であれば興味を持ってしまうほどの魅力的な姿で、更にシスターときたら反応しない者がいないと思う程の美少女であるフィリアと出会い、フィリアは田舎から来たクロノを巻き込みながら行動を共にするのだがフィリアの行動は常にクロノの想像を超えることばかりであった。

そしてなんとかフィリアについて行くクロノは、フィリアに対して特別な感情を持つが、その運命は残酷であった。心身ともにズタボロとなったクロノは、のじゃシスという小さなシスターを自称する少女と出会うことにより、再起を誓い新たな力を手にして脅威に挑み、現れる敵を新たに手に入れた力で戦い続ける。
自信をつけたクロノは過去に追い詰められた教会にいた者達がなってしまった「凶」そして「凶」を生み出す「冥獄凶醒」との戦いにクロノは参戦するのであった。

【第二章】冥獄凶醒との戦いにより、手に入れた使徒の力による運命の変化にクロノは行動すべき対応を迫られ、現在はセラという銀髪少女の策略によりラグナロク第一（女）学園へと来させられるのであった。学園生活を続けているなかで仲間も増えていき、戦いの準備が整いつつあったが、リフィアにより冥獄凶醒が近くにいると知ったクロノは、王国内を探したが、その魔の手はクロノ達をすでに狙っていた。

【第三章】使徒の力についてもっと理解を深めたいクロノはリフィアの力を借りて、ヴィゼン王国にあるラグナロク第二学園へ向かうことになり、使徒であるクォンに出会うことが目的だったのだが、その第二学園で奉られているサリメナの思惑がクロノ達を翻弄する。