主人公である錬金術師のレイ・パラッシュは、激しい戦いの末、新種の魔物をなんとか倒し、パーティーの壊滅を防ぐ。
誰がどう見ても英雄的行動のはずだが、悪徳貴族である三子爵たちの命令に逆らったことを責められ、壊した剣の弁償代を背負わされたあげく、冒険者ギルドから追放されてしまう。

新たな仕事を探さなくてはいけないレイだが、各方面に悪徳ギルド長から圧力がかかっており、どこからも雇ってもらえない。
酒場で落ち込む彼に、一人の男が闇ギルドを紹介する。

闇ギルドへ向かうレイ。
そこでは、新しい酸の開発の実験台にされているスライムがいた。
レイはスライムを救出し、家へ連れ帰る。
このスライムは新種のようで、様々なものに擬態した。
カボチャ、タマネギ、ぬいぐるみ、そして……死んだ幼馴染の少女。
このスライムとの出会いをきっかけに、レイの人生は大きく好転する。

有力な司教の孫娘である聖女に目をかけられ、彼女の野望のために尽力することに。
見た目は可愛らしいが、目的のためなら手段を選ばないグレーな聖女様だ。
レイは活躍を見せ、順調な出世街道にのる。

一方その頃、冒険者ギルドは、レイが抜けたことにより、利益を大幅に減らし、経営が傾き始めた。
ギルド長への不満は募り、レイを呼び戻そうという声も出始める。

そして、悪徳貴族である三子爵たちの悪事を、聖女が嗅ぎ付けた。
彼らに破滅を与えようと、聖女が動き出す。

悪役どもを乗せた、地獄行き特急列車が走り始めたのだ。

※この作品は、私の長編１作目『魔術師ギルドを追放された俺は、助けたスライムと共にギルドランク１位を目指す』のリメイクになります。