平安時代の政治と文化が続く日本は、近年環境破壊が深刻化していた。人々は櫓の上で生活し、浮遊都市の実験をも始める。実験の舞台は、巨大な図書館都市・図書寮第五分亭〈壷菫〉。実験は失敗、都市は破壊され、半ば閉鎖された。
　職員で異能の書司・成田琥珀は、事故で両親を失う。彼は片付けが書司の手を離れたその日、男装し都市に忍び込んだ少女・芙蓉と出会う。彼女は友人に会う約束をしたと言う。
　その友人は、浮遊都市の実験関係者であり、行方不明だった。しかも芙蓉には京から追っ手がかかっており……。