京都、老舗の並ぶ商店街に生まれ育った幼馴染の家具屋の小町と京菓子屋の太郎は、近々オープンするショッピングモールの強引な店舗開発に対して、工程に無い謎の工事の話を聞きつけ建設現場に乗り込む。その時、黒い不死身の男に襲われ、なんと、千年前の平安時代にタイムスリップする。
　時の権力者、藤原道長の下に落ちた小町は、同じく未来からやって来た自称天才物理学者にして、陰陽師として道長 の側近を務める安倍晴明に保護され、なぜか仙女と崇められ宮中で生活することに。時を同じくして、左遷先から帰って きた道長の甥、隆家は、道長により不遇の立場に置かれた兄と姉の復権を画策。恐るべき策謀を巡らせていた。そんな時、大江山を拠点とする盗賊「酒呑童子」が京に攻め入るという知らせが。道長は側近である武家の棟梁源頼光に討伐を命じる。しかし、同時に頼光に謀反の噂が流れ、晴明にも嫌疑がかかり、その影響は小町にまで。 不穏な中、大江山に行った討伐軍の前に、小町らを襲った黒い不死身の男「酢呑童子」が現れて頼光たちに襲い掛かる。そこへ、ちょうど行方不明だった太郎が落ちて来たのだった。
　時空を超えた巨大な陰謀の正体とは？
　果たして彼女たちは現代に戻って来れるのだろうか？