錬金術師の家柄の長女として生を受けたアイリス・クレンベル。彼女は優れた才能を持ちながら、妾の子であることを理由に劣悪な環境で育てられていた。それでもいつか、錬金術師として成果を出せば認めてくれると信じていた。そしてめげずに努力を重ね、念願の宮廷錬金術師になって事件は起こる。
とある人物から毒物を作ってほしいと依頼されたアイリスは、危険すぎる物は渡せないとこの依頼を拒否した。しかし途中まで毒物の研究を進めて完成手前までは到達していたことが仇となる。研究成果を盗まれ、悪用され国王暗殺未遂の罪をきせられてしまった。
死罪を言い渡され絶体絶命の窮地に、小さい頃から知り合ったラルクという青年が駆けつける。

「俺はレムナント王国第二王子ラルク・レムナント。なぁアイリス、良ければウチの国の錬金術師にならないか？」

実は王子だったラルクは、小さい頃からよく知るアイリスに救いの手を差し伸べる。彼の言葉と思いを知ったアイリスは、彼の手を取る。
こうして新しい場所で、二度目の錬金術師生活が始まる。

これは頑張り屋で負けず嫌いな女の子が、努力と人の助けを受けながら、幸せを目指す物語。
その序章である。