2038年9月14日。木星軌道の内側で、地球へ向かって不自然な減速を続ける十三個の巨大人工物が発見された。各国が交信を試みるも応答はなく、やがて十三隻は地球軌道へ到達。そこから放たれた異星の戦闘機によって、世界各国の軍は次々と撃破されていく。圧倒的な速度、火力、センサー性能を前に、人類はわずか三日で敗北寸前まで追い詰められた。
　そんな中、高校生の神谷悠真は、偶然墜落した一機の異星機を発見する。勉強も運動も普通。特別なのはゲームが少し得意なことだけ。だが高度に自動化された異星機の操縦体系は、悠真が慣れ親しんだ六自由度のゲームによく似ていた。未知の機体を動かし、敵の戦い方を読み、人類で初めて異星機を撃墜する悠真。人類の反撃はどこにでもいる普通の高校生から始まった。