世界各地に現れた迷宮から魔物と瘴気があふれ、人類が生存領域を失いつつある世界。身寄りを失ったカナタは研究所に拾われ、先輩のサラと共に世界を救うための研究をしていた。
　そんなある日、カナタは人工魔石の精製という偉業を成し遂げるのだが、領主の妨害にあって、世界中のお偉いさんや研究者の集まる発表会での発表を阻止されてしまう。
　研究所の所長がお偉いさん達の集まる会場で「発表を妨害して、貴重な研究成果が失われたらどう責任を取るつもりだ！」と領主を糾弾するのだが――
　一方その頃、カナタは迷宮の氾濫に巻き込まれていた！
　身重なサラをシェルターに押し込め、町に救援を呼びに行こうとするカナタだが、試作の転移陣の暴走に巻き込まれて行方不明となってしまう。
　残されたのは資料の一部のみで、貴重な研究成果は見事に失われてしまった。

　ちなみに、カナタは２００年後の世界に飛ばされていた。
　そこでカナタが出会ったのは、代々魔導具師を続ける家に生まれながら、魔導具を造れない見習い魔導具師の少女。未熟ではあるが、サラと同じ輝きを彼女に見たカナタは、サラから学んだ知識を彼女に与え、試行錯誤しながら二人で新たな魔導具を生み出していく。
　そんなある日、カナタは２００年前から送られたメッセージを発見して……
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