「パンパカパーン！　おめでとうございます、祐二様！　あなたは厳選なる抽選に選ばれました！」
「なんの話ですか？　とても胡散臭いんですけど」
統括会の職員を名乗る比企嶋慶子は、大学推薦の話を祐二に持ってきた。しかも海外の超一流大学だ。

同じ頃、ドイツ貴族のカムチェスター家では、当主をテロで失い、所有する魔導船が自壊の危機に瀕していた。
数年のうちに、新たな船長を見つけなければならない。
だがカムチェスター家の血を引き、高い魔力を保持する者など、簡単に見つからない。

本作品は、叡智の会、巨大企業ゴラン、栄光なる十二人魔導師の子孫たち、テロ組織ヘスペリデス、バチカンの異端審問委員会、ダックス同盟、アルテミス騎士団などが、それぞれの思惑で活動しています。

危うい均衡の中で成り立つこの世界で、魔導船を駆る魔法使いたち、地球を脅かす侵略種との戦い、『はじまりの地』をめぐる攻防……これはのちに、『英雄魔導船』と呼ばれるようになる一隻の魔導船と、それにまつわる人々の物語です。