主人公・アリアは、魔道具から余分な魔力や想念を抜き取り、正常に動くように「調律」する珍しい力を持つ少女。しかし、その繊細な力は理解されず、工房では「ポンコツ魔道具専門」と揶揄され、地味な仕事ばかり押し付けられていた。
ある日、王立魔道具騎士団から堅物のエリート監察官・カインがやってくる。彼は、騎士団で頻発する魔道具の暴走事故を調査しており、その原因が「誰かによる意図的な不調律」ではないかと疑っていた。カインはアリアの類まれな能力を見抜き、彼女を半ば強引に専属の調律師として引き抜く。
最初はただの「便利な道具」としか見ていなかったカインだが、どんなに複雑な不調律も解き明かし、魔道具に込められた悪意まで読み取るアリアのひたむきな姿に、次第に心を許し、惹かれていく。二人は各地の事件を解決するうち、その裏に潜む王国の転覆を狙う巨大な陰謀へと迫っていくことになる。