太古、パラディソスという島にムーという文明都市があった。
ムーの皇帝は、不思議な力を持つ石「スフェラ」を使って、絶滅したはずの翼竜や巨人を生きながらえさせていた。

ある日、海底火山が大噴火を起こし、平和だったムーは壊滅の危機を迎える。
当時神学徒であったダリアンは、混乱の中で死亡した皇子コールガーシャの生まれたばかりの双子の命を、皇家に仕える巨人に託すことにする。
その後、滅亡の危機を脱したムーであったが、その空から太陽が消えた。

それから16年。
皇帝に代わり国を治めていたダリアンの前に、成長した双子が現れ、闇しかなかったムーに太陽をもたらした。

だがそれは、スフェラをめぐる、時空を越えた戦いの幕開けだった。