迷宮で死んだ者は卵胞に包まれ、五年以内に地上へ運び出されると蘇生する。
そんな不可思議な世界い生きる少年シオンは、迷宮で姉を失った。

両親の代わりに自分を育てるために迷宮に潜っていた姉を助けるため、自身もまた迷宮に挑むシオン。
しかし無情にも命の期限は過ぎ去った。

目的を失ったシオンは失意の中、猟兵を救助する迷宮救助隊に加入することになる。
同じように心に傷を負った少女アリシアと出会い、シオンは触れ合いの中で少しずつ自信を取り戻し、救助隊としての経験を積んでいく。

過去との決別、そして新たな出会い。
傷を負った少年と少女の出会いと成長の物語。

そして、世界に存在する迷宮の真理へと近づいていく。