記憶物質の抽出実験での事故により、助手であるエリの目の前で命を落としたはずの主人公は、気付いた時には異世界の少年クラウドの身体を乗っ取っていた。
　持ち前の人間不信ぶりを遺憾無く発揮して魔術と勉学に打ち込んだクラウドは、息子で人体実験を行った父親を、魔術学園の卒業式典で殴り飛ばし、そのまま国外へと逃げ出した。
　そこで出会ったホムンクルスの少女リータ。彼女が慕う“お母様”の正体を知ったクラウドは、彼女と共に“お母様”を見つける旅へ出る。