未知の生物〈ガイアの使い〉の出現によって崩壊した近未来。
ガイナーと呼ばれる異能力者が現れたことによって第一次ガイア戦争に勝利した人類だったが、それから４年後、ガイアの使いが再び攻撃を仕掛けてくる。
颪島灯希（おろしまとき）は４年前に異能を手に入れ、日本でもっとも戦果を挙げた少年だったが、強大すぎる力を政治家や民衆に忌避されたため、自ら地下に閉じこもる生活を選んだ。
国や街が蹂躙されていく中、灯希はかつてともに戦った仲間に助けを求められ、再び戦場に立つことを決意する。（第一部完結済み）