蒸気機関と錬金術により栄えた帝都、スフェーン。
田舎娘のシトリンは、地元で蔓延している奇病の治療方法を求めて汽車で帝都を目指す中、突然の銃撃戦に巻き込まれ、撃たれてしまう。
しかし次に目が覚めたとき、何故か生きていた上に、彼女の胸はありえないくらいの石に侵食されていた……。

生きながらに賢者の石になってしまったシトリンは、彼女を狙う者たちから逃げ回りながら、彼女を助けてくれた地下組織の者たちと共に、奇病の真相に迫る。

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