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「俺がこの世から、殺人蜂を滅殺する──」
十二歳の少年スカイが、養蜂を営む家族と幸せに暮らしていた矢先、凶暴な殺人蜂が村を襲う。弓矢の修行に励み、一度は村の立て直しをはかるも、再び襲撃される。
大切な兄を亡くしたスカイは、同じく家族を失った音楽家のロイ、時計技師のオリバーとともに蜂の討伐を誓う。だが、死の直前に神官から手渡されたのは、蜂の卵が孵るまでの時間が逆算され、左回りで進んでいく特殊な懐中時計だった。
人間か、蜂か。存亡をかけたカウントダウンが今、始まる。