史上最強の賢者と呼ばれた錬金術師アルフは、いわれのない嫌疑をかけられ追放の憂き目にあう。
しかし、アルフにとって、それは都合のいいことだった。
自由になった彼は、さらなる錬金術の高みに至るため、最強の“ホムンクルス”の肉体に転生することを決意。
無事に、転生術式は成功したのだが……。

「……錬金術が、おとぎ話だと？」

そこは、錬金術のまがいもの――“魔法”が支配する１万年後の世界。
アルフの追放によって錬金術は衰退してしまい、未来で錬金術を使える者はアルフただ一人となっていた。
さらに技術が衰退した世界では、ホムンクルスの力も理解されず、アルフは落ちこぼれとして扱われてしまう。
そのため、アルフは決意する。

「――この時代に、真の錬金術を教えてやる」

……と。
これは、一人の錬金術師が、“最強の魔導師”として成り上がっていく物語である。

※改題しました。旧題：魔法適性０％の転生賢者、【錬金術】の力で無双する　～錬金術を誰も知らない１００００年後の世界で、最強の魔導師として成り上がる～