時は令和、ここは日本。

田嶋 波瑠（タジマ ハル）は幼児体型に長いスカート、分厚いメガネで人見知りな三軍陰キャの高校1年。そんなハルには甲斐 芹（カイ セリ）という美少女な幼馴染がいる。サラサラなワンレンボブにすらっとした高身長、無口無表情な顔整いで、ミステリアスクールビューティーとして男女問わず皆の憧れな、一軍女子セリ。

家が近所で同い年なハルとセリ。
2人は生まれた時から一緒に育ち、お互いが1番の仲良しだった……はずなのに、小学校高学年の頃、2人の前にはスクールカーストが立ちはだかる。持ち前のポテンシャルによりハルは三軍、セリは一軍と、自然と2人が属するグループは別れてしまった。
現在は高校1年。2人は同じ高校の同じクラスになったにも関わらず全く話さないどころか、目すら合わない疎遠な関係となってしまっていたのだ。

そんなある日、ハルはコンビニ強盗に出くわしピンチに陥ってしまう。危機一髪でハルを助けてくれたのは、ハルが幼い頃に大好きだったアニメ「うろんな魔法少女マリィ」にそっくりな美少女。
ツインテールのピンク髪で赤い瞳、フリルとリボンたっぷりなピンクの服を着て、ピンククリスタルの付いたステッキを持った美少女は、「魔法少女セリィ」と名乗ってくれた。可憐にコンビニ強盗を撃退してくれた魔法少女セリィ。

そんな魔法少女セリィの正体は、普段は無口で無表情な幼馴染のセリだと、幼い頃から一緒のハルには分かってしまうのだった……。