2032年、粒子加速器の事故によって、芦原蒼龍の魂は1901年の日本にタイムスリップしてしまい、高城蒼龍（たかしろそうりゅう）として生まれ変わる。
そして、天使リリエルより、このままではアルマゲドンで悪魔が勝利し、文明は衰退してしまうと告げられた。
蒼龍は21世紀の技術によって、日本を導き、第二次世界大戦の惨禍を少なくすることに成功する。そして、人類の科学的進歩を大幅に加速し、アルマゲドンに備えた。

西暦2039年
人類の存亡を懸けた神魔大戦が始まる。