小学五年生の七瀬カズマはある日、自分の古い携帯ゲーム機に「暗黒竜の秘宝」という見覚えのないゲームがインストールされていることに気付く。
ひょんなことから、クラスの「ガリ勉」こと六宮ヒロナリもそのゲームをプレイしていることを知ったカズマは、謎めいた転校生三条リンを加え、三人でゲームの攻略を続けていく。
やがて三人は、現実世界で起きる奇妙な出来事がゲームの中での暗黒竜の復活の予兆とリンクし始めていることに気付く。
「もしかして、このままいくと世界は……」