戦争が終わって、5年。
文明の崩壊した日本で、元兵士のユウは、小さなAIロボット・ピコと廃病院を拠点に生き延びていた。

ある日、探索先の地下で、ユウはひとりの少女を見つける。

淡い水色の髪をした、7歳ほどの少女。
自分の名前も、なぜそこにいるのかも分からない。
それどころか、食べることも、眠ることも、「外」がどんな場所なのかさえ知らなかった。

残されていたのは、ひとつの識別番号だけ。

──IS-003。

ユウは少女を廃病院へ連れ帰る。
初めて食べ、初めて味を知り、初めて世界を見る。くだらないことで笑い、ユウを「おじさん」と呼び、やがて廃病院を自分の「いえ」と呼ぶようになる少女。

そして彼女は、自分の名前を選ぶ。

──アイ。

しかし、終わったはずの戦争は、まだ世界のあちこちで動き続けていた。
主を失ってなお命令を遂行する自律兵器。途絶えた軍事通信。そして、少女を「IS-003」と識別する古いシステム。

かつて命令に背き、自分の選択が正しかったのか今も分からない男。
自分が何者なのかさえ知らず、これから選ぶことを覚えていく少女。
そして、戦争の頃から男のそばにいる小さなAI。

これは、世界を救う英雄の物語ではない。

名前を知って。
世界を知って。
愛を知って。
失うことを知って。

それでも、自分で「生きる」ことを選んでいく〝3人〟の物語。