それは自殺した親友が妄想していた架空のゲーム──の筈だった。
突如現れた異形のモンスター。
ダンジョン化する新宿駅。
隆起し拡大し、変貌する街。
目の前で老若男女問わず、たくさんの人が無惨に死んでいく。
主人公・常盤大河は、偶然出会った中学の同級生・成美悠理と共に狂い始めた東京を旅する。

大河に依存し、偏執的なまでに愛情を向ける悠理。
そんな悠理を守るために、時にその手を人の血に染める大河。
クスリや犯罪、カルト宗教が蔓延しモラルを失っていく人々は、クランを組織し人間同士で争い始める。
残酷なギミックで都民（プレイヤー）を苦しめるダンジョンやイベントの数々に翻弄されながらも、大河はやがてなぜ東京がこんな姿に変わってしまったのか──なぜ親友の妄想である架空のゲームが、現実となってしまったのかを知った。
そのゲームの名は「東京ケイオス・マイソロジー」。
これは、己の罪とトラウマを贖罪するための──巡礼の旅。